فلما سمع رسول اللّه صلى اللّه عليه وسلم بتحزبهم وخروجهم لمحاربته أمر بحفر الخندق حول المدينة. والذي أشار عليه صلى اللّه عليه وسلم بحفره سلمان الفارسي رضي اللّه عنه وقد كان الفرس يحفرون الخنادق للدفاع في الحرب. قال سلمان: يا رسول اللّه كنا بفارس إذا حوصرنا خندقنا علينا وعلى كل حال فإن كلمة خندق فارسية الأصل.
اشتغل رسول اللّه صلى اللّه عليه وسلم بحفر الخندق بنفسه واشتغل المسلمون معه. أما المنافقون فكانوا يتوانون وينصرفون بدون إذن رسول اللّه صلى اللّه عليه وسلم ويستثقلون العمل ويثبطون العزائم.